Sebastian Ukena studierte Musiktheaterregie an der Theaterakademie Hamburg, u.a. bei Regisseuren wie Peter Konwitschny, Willy Decker und Calixto Bieto.
Als Regieassistent und Wiederaufnahmeregisseur war er an zahlreichen Produktionen des klassischen Opernrepertoires beteiligt. Zuletzt leitete er die Wiederaufnahme von Händels Jephtha in der Regie von Lydia Steier bei den Wiener Festwochen.
Seine Inszenierungen von Werken wie Die Zauberflöte (Mozart), Die Welt auf dem Mond (Haydn/Steinke), Cardillac (Hindemith) Carmina Burana (Orff), Dido and Aeneas (Purcell), Orpheus and Euryice (Gluck) und anderen waren auf verschiedenen Bühnen in Deutschland und Großbritannien zu sehen.